DNA seq to Protein seq from Bio.Seq import Seq from Bio import SeqIO from Bio.SeqRecord import SeqRecord def find_orfs_with_trans(seq, trans_table, min_protein_length): answer = [] for strand, nuc in [(+1, seq), (-1, seq.reverse_complement())]: for frame in range(3): length = 3 * ((len(seq)-frame) // 3) # Adjust length for frame for pro in nuc[frame:frame+length].translate(table=trans_table).spl..

sudo 명령어 사용 시 발생하는 에러 이를 해결하기 위해 sudoers를 설정해야 한다. /etc/sudoers 파일 열기 su visudo -f /etc/sudoers sudoers 파일에 권한 정보 추가하기 root ALL=(ALL) ALL 아래에 권한 정보를 추가한다. 위와 같이 추가하면 seona 계정에 sudo 권한을 부여한다. esc, :wq 입력하여 저장한다.

What is Hybrid Assemble CANU assemble 결과 파일인 NB01-oxford에서 NB01.contigs.fasta가 중요한 결과 파일임 NB01.contigs.fasta를 BioEdit으로 열기 long read를 읽을 수 있지만 퀄리티가 떨어지는 nanopore 등과 short read를 읽지만 퀄리티가 좋은 iseq 등을 합치면 가장 좋은 결과를 얻을 수 있다. iseq만 사용하기에는 많은 비용이 들고(데이터가 많기 때문), nanopore만 사용하기에는 에러율이 높으므로 iseq만 사용하거나 nanopore만 사용하여 assembly하는 것은 불가능하다. → nanopore와 iseq을 combine하는 것이 best ⇒ "Hybrid assembly" Hybrid Asse..

CANU 1) barcode01 디렉토리 복사 barcode01 디렉토리에는 multiple fastq file이 존재 2) cat *.fastq > NB01.fastq 3) canu -p NB01 -d NB01-oxford genomeSize=4.8m -nanopore-raw NB01.fastq RAST 1) RAST(https://rast.nmpdr.org/) 접속 → Your Jobs → Job Overview → Jobs you have access to에서 view details → The SEED Viewer 세포벽 및 캡슐 (29) 옆의 + 버튼을 클릭하면 상세 정보를 볼 수 있음 Gram-Negative cell wall components (0) 이고, murein hydrolase (4..

USB 사용을 위한 VirtualBox 설정하기 USB 사용을 위한 Virtual Box 확장 팩 설치 ① https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads ② VirtualBox 7.0.4 Oracle VM VirtualBox Extension Pack ③ All supported platforms ④ 다운로드된 파일을 열면 VirtualBox로 이동되고 창이 하나 뜬다. 창에서 설치를 클릭한다. USB 사용을 위한 Centos7 설정 마운트하고자 하는 리눅스 서버를 사용 중이면 설정에서 USB 컨트롤러를 사용할 수 없기 때문에 centos의 전원을 꺼준다. ① 설정 ② USB ③ USB 컨트롤러 사용하기에서 USB 3.0(xHCL) 컨트롤러 선택 ④위 아이콘을 선택 후 연결하..